În mass-media, se întâțnesc trei date a descoperirii peșterii: 1959, 1969, 1977. Acest lucru se datorează următoarelor.
În 1946, în zona satului Criva, la nordul fostei Republici Sovietice Socialiste Moldovenești (în continuare RSSM), în urma explorării geologice, a fost descoperit un zăcământ de gips, care se afla aproape de suprafață. În 1954 a început extracția industrială a gipsului prin metoda deschisă. În 1959, după o explozie de rutină, în peretele carierei s-a deschis o cavitate din care a țâșnit apă. Atunci a fost afectată doar una dintre galeriile superioare, și nu sistemul în sine.
În anul 1969 savanții Academiei de Stiinte a RSSM au cercetat cavitățile în apropierea carierei de extracție a gipsului și au publicat descrieri despre cavitățile în gips și regiunea carstică din apropiere.
Data oficială a descoperirii peșterii, numirii și primei cartări este 12.03.1977. Acestea se datorează clubului de speologi din clubul studențesc „Troglodit” din or. Cernauți, ce se află astăzi în Ucraina, care după o altă explozie de rutină au descoperit in peretele carierei intrarea in imensul sistem carstic, toate celelalte cavităti descrise anterior fiind doar sisteme de cateva zeci de metri care se găsesc si acum in preajma carierei. În doar o lună, speologii au pus pe foaie 10 km de labirint, și au denumit peștera “Zolushka”, ce in traducere in română înseamnă Cenușăreasa. Ideea denumirii a fost inspirată din similitudinea trăsăturilor personajului din poveste – frumusețea ascunsă, aspectul mai modest al speleotemelor, argila care se găsește mai peste tot în peșteră (vezi fata murdară de cenușă în poveste). În anul 1992 după dobândirea de către Republica Moldova a independenței față de regimul sovietic, guvernarea a decis sa redenumească peștera în cinstea savantului român, părintelui biospeleologiei si marelui aventurier Emil Racoviță. De atunci peștera poartă două denumiri.
În paralel cu savanții din Ucraina, în peșteră au lurcat savanții Academiei de Științe a RSSM. Fiecare grup a efectuat cercetări, a elaborat hărți și publicații științifice separat.
Între anii 1978 și 1982 lungimea galeriilor s-a mărit de la 20,3 km până la 61,9 km. Incepând cu anul 1984, cercetării și cartării peșterii s-a alaturat clubul de speleologi ABIS din or. Chișinău, RSSM.
Intrarea in peștera, 1986, autor necunoscut.
Membrii clubului speologilor ABIS la gara feroviara Mamaliga, 1986, autor necunoscut.
În următorii 15 ani datorită colaborării speologilor ucraineni și moldoveni, au fost cartate peste 95% din sistemul carstic, lungimea totală a galeriilor ajungând la 90 km.
In anul 1999 in pesteră a avut loc o tragedie soldată cu moartea a două persoane, motiv pentru care peștera a fost închisă complet pentru vizitatori. Atunci doi turiști au pătruns în peșteră și s-au stins din viață la câțiva metri de la intrare din cauza intoxicării cu dioxid de carbon. Pestera a fost inchisă pentru 5 ani insă apoi redeschisă drept urmare a unei expediții organizate de speleoclubul ABIS si deținătorul carierei în care s-a dovedit că peștera este în stare favorabilă pentru vizitare. Clubul ABIS atunci a evacuat doua camioane de deșeuri provenite din turism spontan in peșteră, care până în anul 1999 era deschisă. Începând cu 2005 intrarea în peșteră este închisă cu lacăt, excursiile sunt rare și gestionate de speleoclubul ABIS, lucrările în peșteră se efectuează doar în direcția cartării, căutării continuării galeriilor, măsurarii nivelului apei in lacuri, captării foto/video.
După anul 2005 speologii moldoveni în colaborare cu cei ucraineni au depus iarăși un efort enorm pentru a recarta peștera folosind metode mai moderne de cartare și au elaborat harta digitală a peșterii. Ultimele date acumulate arată că lungimea totală a peșterii nu diferă drastic de datele dobândite la prima cartare: în total 92 km în plan și 87 km luând în considerare relieful, suprafața 206,5 mii m2, volumul 550 mii m2. Cele mai mari descoperiri au avut loc pănă în anii ’90. Ne putem doar imagina entuziasmul pionerilor care, după parcurgerea galeriilor inguste de la intrarea în peșteră, pentru prima dată au intrat în sălile enorme cu înâlțimi de 9 m, au descoperit peste 60 lacuri subterane cu apă cristalină, au dat peste speleoteme unice precum stalagmitele fragede din argilă care au la baza apariției procese biologice, acele de gips – antolite cu lungimi de până la 15 cm, argilă de diferite culori, pelicule fine de fier si mangan oxidat pe pereții și tavanele galeriilor, monocristalele de gips. În fiecare an peștera își mărește lungimea cu căteva zeci sau sute de metri și speleologii exploreaza galerii noi.